{"id":2788,"date":"2023-08-25T00:00:00","date_gmt":"2023-08-25T00:00:00","guid":{"rendered":"https:\/\/tech-lib.eu\/tech\/jak-otevirat-soubory-pdb-komplexni-pruvodce\/"},"modified":"2023-08-25T00:00:00","modified_gmt":"2023-08-25T00:00:00","slug":"jak-otevirat-soubory-pdb-komplexni-pruvodce","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/tech-lib.eu\/tech\/jak-otevirat-soubory-pdb-komplexni-pruvodce\/","title":{"rendered":"Jak otev\u00edrat soubory PDB. Komplexn\u00ed pr\u016fvodce"},"content":{"rendered":"
\n
Co je soubor PDB?<\/div>\n
PDB soubory (form\u00e1t PalmDoc, p\u0159\u00edpona . pdb) se pou\u017e\u00edvaj\u00ed jako elektronick\u00e9 knihy na mobiln\u00edch za\u0159\u00edzen\u00edch (Palm, PocketPC). Pokud si je chcete zobrazit na po\u010d\u00edta\u010di, mus\u00edte pou\u017e\u00edt n\u011bjakou specializovanou \u010dte\u010dku nebo dan\u00fd PDB soubor zkonvertovat do jin\u00e9ho form\u00e1tu.<\/div>\n
\n\t\t\t\t\t Dal\u0161\u00ed informace najdete na<\/span> wiki.ubuntu.cz<\/a>\n\t\t\t\t<\/div>\n<\/p><\/div>\n
V molekul\u00e1rn\u00ed biologii a bioinformatice se soubory PDB (Protein Data Bank) \u010dasto pou\u017e\u00edvaj\u00ed k ukl\u00e1d\u00e1n\u00ed a v\u00fdm\u011bn\u011b dat o trojrozm\u011brn\u00fdch struktur\u00e1ch protein\u016f a dal\u0161\u00edch makromolekul. Tato p\u0159\u00edru\u010dka v\u00e1s provede procesem otev\u00edr\u00e1n\u00ed soubor\u016f PDB a odpov\u00ed na dal\u0161\u00ed ot\u00e1zky, kter\u00e9 v\u00e1s v t\u00e9to souvislosti napadnou. <\/p>\n
<\/div>\n

Nejprve otev\u0159ete soubor PDB: <\/p>\n

<\/div>\n

K otev\u0159en\u00ed souboru PDB budete pot\u0159ebovat specializovan\u00fd software, kter\u00fd um\u00ed \u010d\u00edst a zobrazovat soubory PDB. PyMOL, siln\u00fd a u\u017eivatelsky p\u0159\u00edv\u011btiv\u00fd program pro vizualizaci molekul, je jednou z obl\u00edben\u00fdch voleb. PyMOL je v\u00fdkonn\u00fd n\u00e1stroj pro studium a \u00fapravu molekul\u00e1rn\u00edch struktur, kter\u00fd je k dispozici pro syst\u00e9my Windows, MacOS a Linux. Sta\u010d\u00ed si st\u00e1hnout program PyMOL, nastavit jej a pot\u00e9 otev\u0159\u00edt soubor PDB z nab\u00eddky „Soubor“. <\/p>\n

<\/div>\n

VMD (Visual Molecular Dynamics), flexibiln\u00ed program pro vizualizaci a anal\u00fdzu molekul, poskytuje dal\u0161\u00ed mo\u017enost volby. PDB je nav\u00edc jedn\u00edm z mnoha form\u00e1t\u016f soubor\u016f, kter\u00e9 VMD podporuje, a je p\u0159\u00edstupn\u00fd na r\u016fzn\u00fdch za\u0159\u00edzen\u00edch. V\u00fdb\u011brem mo\u017enosti „File“ (Soubor) a pot\u00e9 „New Molecule“ (Nov\u00e1 molekula) z nab\u00eddky m\u016f\u017eete otev\u0159\u00edt soubor PDB v programu VMD. <\/p>\n

<\/div>\n

2. P\u0159evod soubor\u016f PDF do PDB: <\/p>\n

<\/div>\n

Pokud pot\u0159ebujete p\u0159ev\u00e9st soubor PDB do form\u00e1tu PDF pro jednodu\u0161\u0161\u00ed sd\u00edlen\u00ed a prohl\u00ed\u017een\u00ed, m\u016f\u017eete se pokusit o n\u011bkolik technik. Jednou z mo\u017enost\u00ed je exportovat soubor PDB jako obr\u00e1zek (nap\u0159\u00edklad PNG nebo JPEG) pomoc\u00ed PyMOL nebo VMD a pot\u00e9 pou\u017e\u00edt n\u00e1stroj pro p\u0159evod do PDF, kter\u00fd z obr\u00e1zku vytvo\u0159\u00ed PDF. Existuje \u0159ada online p\u0159evodn\u00edk\u016f obr\u00e1zk\u016f do PDF, z nich\u017e n\u011bkter\u00e9 dokonce umo\u017e\u0148uj\u00ed p\u0159ev\u00e9st soubory PDB p\u0159\u00edmo do PDF. <\/p>\n

<\/div>\n

Alternativn\u011b m\u016f\u017eete pou\u017e\u00edt software ur\u010den\u00fd pro p\u0159evod, nap\u0159\u00edklad Open Babel. Byl vytvo\u0159en open-source chemick\u00fd toolbox s n\u00e1zvem Open Babel, kter\u00fd hovo\u0159\u00ed r\u016fzn\u00fdmi jazyky pou\u017e\u00edvan\u00fdmi v chemick\u00fdch datech. Umo\u017e\u0148uje p\u0159evod soubor\u016f PDB do \u0159ady form\u00e1t\u016f v\u010detn\u011b PDF. Po instalaci programu Open Babel pou\u017eijte rozhran\u00ed p\u0159\u00edkazov\u00e9ho \u0159\u00e1dku a p\u0159eve\u010fte soubor PDB do form\u00e1tu PDF. <\/p>\n

<\/div>\n

3. Prohl\u00ed\u017een\u00ed souboru PDB: PyMOL a VMD jsou skv\u011bl\u00e9 n\u00e1stroje pro zkoum\u00e1n\u00ed trojrozm\u011brn\u00e9 struktury souboru PDB a pro jej\u00ed vizualizaci. Tyto po\u010d\u00edta\u010dov\u00e9 programy umo\u017e\u0148uj\u00ed prov\u00e1d\u011bt slo\u017eit\u00e9 v\u00fdpo\u010dty a anal\u00fdzy, zkoumat r\u016fzn\u00e1 zobrazen\u00ed (nap\u0159. kuli\u010dka a ty\u010dka, vypl\u0148ov\u00e1n\u00ed prostoru), ot\u00e1\u010det, zv\u011bt\u0161ovat a upravovat molekul\u00e1rn\u00ed strukturu. <\/p>\n

<\/div>\n

Krom\u011b PyMOL a VMD jsou k dispozici i dal\u0161\u00ed vizualiza\u010dn\u00ed n\u00e1stroje, nap\u0159\u00edklad Jmol, ChimeraX a UCSF Chimera. M\u016f\u017eete si vybrat n\u00e1stroj, kter\u00fd nejl\u00e9pe vyhovuje va\u0161im pot\u0159eb\u00e1m a vkusu, proto\u017ee ka\u017ed\u00fd z t\u011bchto n\u00e1stroj\u016f m\u00e1 jedine\u010dn\u00e9 mo\u017enosti a funkce. <\/p>\n

<\/div>\n

P\u0159id\u00e1n\u00ed souboru PDB: <\/p>\n

<\/div>\n

4. Soubor PDB se obvykle na\u010dte do softwarov\u00e9ho programu v\u00fdb\u011brem z prohl\u00ed\u017ee\u010de soubor\u016f nebo pomoc\u00ed mo\u017enost\u00ed „Otev\u0159\u00edt“ nebo „Importovat“ v programu. V z\u00e1vislosti na pou\u017e\u00edvan\u00e9m softwaru se mohou jednotliv\u00e9 kroky m\u011bnit. V\u011bt\u0161ina program\u016f pro vizualizaci molekul, jako jsou PyMOL a VMD, v\u0161ak poskytuje jednoduch\u00e1 u\u017eivatelsk\u00e1 rozhran\u00ed, kter\u00e1 na\u010d\u00edt\u00e1n\u00ed soubor\u016f PDB usnad\u0148uj\u00ed. <\/p>\n

<\/div>\n

Je PDB Access zdarma? Form\u00e1t soubor\u016f PDB lze pou\u017e\u00edvat bezplatn\u011b. Protein Data Bank je voln\u011b dostupn\u00fd n\u00e1stroj, kter\u00fd nab\u00edz\u00ed ve\u0159ejn\u00fd p\u0159\u00edstup ke struktur\u00e1m protein\u016f, kter\u00e9 byly identifikov\u00e1ny na z\u00e1klad\u011b experiment\u016f. Samotn\u00e9 soubory PDB, kter\u00e9 obsahuj\u00ed atomov\u00e9 sou\u0159adnice a dal\u0161\u00ed relevantn\u00ed informace, jsou k dispozici k bezplatn\u00e9mu sta\u017een\u00ed a pou\u017eit\u00ed pro nekomer\u010dn\u00ed \u00fa\u010dely, jako je v\u00fdzkum a v\u00fduka. <\/p>\n

<\/div>\n

Z\u00e1v\u011brem lze \u0159\u00edci, \u017ee specializovan\u00e9 softwarov\u00e9 aplikace, jako jsou PyMOL a VMD, umo\u017e\u0148uj\u00ed otev\u00edrat soubory PDB a pracovat s nimi. Pomoc\u00ed t\u011bchto n\u00e1stroj\u016f m\u016f\u017eete prohl\u00ed\u017eet, zkoumat a hr\u00e1t si s trojrozm\u011brn\u00fdmi strukturami protein\u016f a dal\u0161\u00edch makromolekul. Tyto softwarov\u00e9 n\u00e1stroje nav\u00edc snadno p\u0159ij\u00edmaj\u00ed soubory PDB, kter\u00e9 byly p\u0159evedeny do form\u00e1tu PDF a lze je na\u010d\u00edst. Obecn\u011b plat\u00ed, \u017ee v\u011bdeck\u00e1 komunita pou\u017e\u00edv\u00e1 k \u00fasp\u011b\u0161n\u00e9mu sd\u00edlen\u00ed a studiu struktur protein\u016f form\u00e1t soubor\u016f PDB, kter\u00fd je otev\u0159en\u011b p\u0159\u00edstupn\u00fd a obl\u00edben\u00fd.<\/p><\/div>\n

\n
FAQ<\/div>\n
\n
Co je soubor PDB?<\/div>\n

Aplikace Microsoft Visual Studio pou\u017e\u00edv\u00e1 k ukl\u00e1d\u00e1n\u00ed ladic\u00edch a symbolick\u00fdch dat form\u00e1t souboru PDB, co\u017e je zkratka pro „Program Database“. Obsahuje informace, kter\u00e9 pom\u00e1haj\u00ed p\u0159i lad\u011bn\u00ed a anal\u00fdze k\u00f3du b\u011bhem v\u00fdvoje softwaru, nap\u0159\u00edklad n\u00e1zvy funkc\u00ed, n\u00e1zvy prom\u011bnn\u00fdch a \u010d\u00edsla \u0159\u00e1dk\u016f. Soubory PDB, kter\u00e9 se obvykle vytv\u00e1\u0159ej\u00ed b\u011bhem kompilace softwaru, maj\u00ed z\u00e1sadn\u00ed v\u00fdznam pro d\u016fkladn\u00e9 lad\u011bn\u00ed a profilov\u00e1n\u00ed spustiteln\u00fdch soubor\u016f. <\/p>\n<\/div>\n

\n
Jak otev\u0159u soubor PDB v aplikaci Excel?<\/div>\n

P\u0159ed otev\u0159en\u00edm souboru PDB v aplikaci Excel je nutn\u00e9 jej p\u0159ev\u00e9st do form\u00e1tu kompatibiln\u00edho s aplikac\u00ed Excel. Zde je seznam postup\u016f, kter\u00e9 v\u00e1m pomohou: Nejprve je t\u0159eba st\u00e1hnout a nainstalovat softwarov\u00fd bal\u00edk, kter\u00fd dok\u00e1\u017ee p\u0159ev\u00e9st soubory PDB do form\u00e1tu CSV (hodnoty odd\u011blen\u00e9 \u010d\u00e1rkou). Jednou z takov\u00fdch aplikac\u00ed je bezplatn\u00fd freewarov\u00fd program s otev\u0159en\u00fdm zdrojov\u00fdm k\u00f3dem zn\u00e1m\u00fd jako Open Babel. 2. Po instalaci programu Open Babel vyhledejte soubor PDB, kter\u00fd chcete otev\u0159\u00edt v aplikaci Excel. 3. V aplikaci Open Babel vyberte soubor PDB a jako po\u017eadovan\u00fd form\u00e1t exportu vyberte CSV. T\u00edm se soubor PDB zm\u011bn\u00ed na soubor CSV, kter\u00fd m\u016f\u017ee Excel otev\u0159\u00edt. 4. Po p\u0159eveden\u00ed ulo\u017ete soubor CSV do preferovan\u00e9ho um\u00edst\u011bn\u00ed v po\u010d\u00edta\u010di. <\/p>\n

<\/div>\n

5. Spus\u0165te aplikaci Excel a vyberte kartu „Soubor“. Po zvolen\u00ed mo\u017enosti „Open“ p\u0159ejd\u011bte do adres\u00e1\u0159e, kam jste ulo\u017eili p\u0159eveden\u00fd soubor CSV. 6. V dialogov\u00e9m okn\u011b „Otev\u0159\u00edt“ vyberte soubor CSV a stiskn\u011bte tla\u010d\u00edtko „Otev\u0159\u00edt“. Soubor CSV se nyn\u00ed otev\u0159e v aplikaci Excel, kde m\u016f\u017eete pokra\u010dovat v pr\u00e1ci s daty. <\/p>\n

<\/div>\n

P\u0159eveden\u00edm souboru PDB do kompatibiln\u00edho form\u00e1tu CSV jej m\u016f\u017eete pomoc\u00ed t\u011bchto pokyn\u016f otev\u0159\u00edt v aplikaci Excel. <\/p>\n<\/div>\n

\n
Co je v souboru PDB?<\/div>\n

Soubory Protein Data Bank neboli PDB jsou b\u011b\u017en\u011b pou\u017e\u00edvan\u00fdm souborov\u00fdm form\u00e1tem pro ukl\u00e1d\u00e1n\u00ed trojrozm\u011brn\u00fdch strukturn\u00edch dat biologick\u00fdch makromolekul, jako jsou proteiny, nukleov\u00e9 kyseliny a komplexn\u00ed sestavy. Krom\u011b atomov\u00fdch sou\u0159adnic obsahuje podrobnosti o konektivit\u011b ka\u017ed\u00e9ho atomu, d\u00e9lk\u00e1ch vazeb, \u00fahlech a dal\u0161\u00edch relevantn\u00edch informac\u00edch. Soubory PDB mohou tak\u00e9 obsahovat anotace, odkazy na v\u011bdeckou literaturu a metadata t\u00fdkaj\u00edc\u00ed se experiment\u016f pou\u017eit\u00fdch k identifikaci struktury. Struktura, fungov\u00e1n\u00ed a interakce biomolekul jsou pomoc\u00ed t\u011bchto soubor\u016f hojn\u011b studov\u00e1ny v oboru strukturn\u00ed biologie.<\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Co je soubor PDB? PDB soubory (form\u00e1t PalmDoc, p\u0159\u00edpona . pdb) se pou\u017e\u00edvaj\u00ed jako elektronick\u00e9 knihy na mobiln\u00edch za\u0159\u00edzen\u00edch (Palm, PocketPC). Pokud si je chcete zobrazit na po\u010d\u00edta\u010di, mus\u00edte pou\u017e\u00edt n\u011bjakou specializovanou \u010dte\u010dku nebo dan\u00fd PDB soubor zkonvertovat do jin\u00e9ho form\u00e1tu. Dal\u0161\u00ed informace najdete na wiki.ubuntu.cz V molekul\u00e1rn\u00ed biologii a bioinformatice se soubory PDB (Protein … \u010c\u00edst d\u00e1l<\/a><\/p>\n","protected":false},"author":2131,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[344],"tags":[],"class_list":["post-2788","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-formaty-souboru"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/tech-lib.eu\/tech\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/2788","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/tech-lib.eu\/tech\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/tech-lib.eu\/tech\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/tech-lib.eu\/tech\/wp-json\/wp\/v2\/users\/2131"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/tech-lib.eu\/tech\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=2788"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/tech-lib.eu\/tech\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/2788\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/tech-lib.eu\/tech\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=2788"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/tech-lib.eu\/tech\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=2788"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/tech-lib.eu\/tech\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=2788"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}