Nejprve otevřete soubor PDB:
K otevření souboru PDB budete potřebovat specializovaný software, který umí číst a zobrazovat soubory PDB. PyMOL, silný a uživatelsky přívětivý program pro vizualizaci molekul, je jednou z oblíbených voleb. PyMOL je výkonný nástroj pro studium a úpravu molekulárních struktur, který je k dispozici pro systémy Windows, MacOS a Linux. Stačí si stáhnout program PyMOL, nastavit jej a poté otevřít soubor PDB z nabídky „Soubor“.
VMD (Visual Molecular Dynamics), flexibilní program pro vizualizaci a analýzu molekul, poskytuje další možnost volby. PDB je navíc jedním z mnoha formátů souborů, které VMD podporuje, a je přístupný na různých zařízeních. Výběrem možnosti „File“ (Soubor) a poté „New Molecule“ (Nová molekula) z nabídky můžete otevřít soubor PDB v programu VMD.
2. Převod souborů PDF do PDB:
Pokud potřebujete převést soubor PDB do formátu PDF pro jednodušší sdílení a prohlížení, můžete se pokusit o několik technik. Jednou z možností je exportovat soubor PDB jako obrázek (například PNG nebo JPEG) pomocí PyMOL nebo VMD a poté použít nástroj pro převod do PDF, který z obrázku vytvoří PDF. Existuje řada online převodníků obrázků do PDF, z nichž některé dokonce umožňují převést soubory PDB přímo do PDF.
Alternativně můžete použít software určený pro převod, například Open Babel. Byl vytvořen open-source chemický toolbox s názvem Open Babel, který hovoří různými jazyky používanými v chemických datech. Umožňuje převod souborů PDB do řady formátů včetně PDF. Po instalaci programu Open Babel použijte rozhraní příkazového řádku a převeďte soubor PDB do formátu PDF.
3. Prohlížení souboru PDB: PyMOL a VMD jsou skvělé nástroje pro zkoumání trojrozměrné struktury souboru PDB a pro její vizualizaci. Tyto počítačové programy umožňují provádět složité výpočty a analýzy, zkoumat různá zobrazení (např. kulička a tyčka, vyplňování prostoru), otáčet, zvětšovat a upravovat molekulární strukturu.
Kromě PyMOL a VMD jsou k dispozici i další vizualizační nástroje, například Jmol, ChimeraX a UCSF Chimera. Můžete si vybrat nástroj, který nejlépe vyhovuje vašim potřebám a vkusu, protože každý z těchto nástrojů má jedinečné možnosti a funkce.
Přidání souboru PDB:
4. Soubor PDB se obvykle načte do softwarového programu výběrem z prohlížeče souborů nebo pomocí možností „Otevřít“ nebo „Importovat“ v programu. V závislosti na používaném softwaru se mohou jednotlivé kroky měnit. Většina programů pro vizualizaci molekul, jako jsou PyMOL a VMD, však poskytuje jednoduchá uživatelská rozhraní, která načítání souborů PDB usnadňují.
Je PDB Access zdarma? Formát souborů PDB lze používat bezplatně. Protein Data Bank je volně dostupný nástroj, který nabízí veřejný přístup ke strukturám proteinů, které byly identifikovány na základě experimentů. Samotné soubory PDB, které obsahují atomové souřadnice a další relevantní informace, jsou k dispozici k bezplatnému stažení a použití pro nekomerční účely, jako je výzkum a výuka.
Závěrem lze říci, že specializované softwarové aplikace, jako jsou PyMOL a VMD, umožňují otevírat soubory PDB a pracovat s nimi. Pomocí těchto nástrojů můžete prohlížet, zkoumat a hrát si s trojrozměrnými strukturami proteinů a dalších makromolekul. Tyto softwarové nástroje navíc snadno přijímají soubory PDB, které byly převedeny do formátu PDF a lze je načíst. Obecně platí, že vědecká komunita používá k úspěšnému sdílení a studiu struktur proteinů formát souborů PDB, který je otevřeně přístupný a oblíbený.
Aplikace Microsoft Visual Studio používá k ukládání ladicích a symbolických dat formát souboru PDB, což je zkratka pro „Program Database“. Obsahuje informace, které pomáhají při ladění a analýze kódu během vývoje softwaru, například názvy funkcí, názvy proměnných a čísla řádků. Soubory PDB, které se obvykle vytvářejí během kompilace softwaru, mají zásadní význam pro důkladné ladění a profilování spustitelných souborů.
Před otevřením souboru PDB v aplikaci Excel je nutné jej převést do formátu kompatibilního s aplikací Excel. Zde je seznam postupů, které vám pomohou: Nejprve je třeba stáhnout a nainstalovat softwarový balík, který dokáže převést soubory PDB do formátu CSV (hodnoty oddělené čárkou). Jednou z takových aplikací je bezplatný freewarový program s otevřeným zdrojovým kódem známý jako Open Babel. 2. Po instalaci programu Open Babel vyhledejte soubor PDB, který chcete otevřít v aplikaci Excel. 3. V aplikaci Open Babel vyberte soubor PDB a jako požadovaný formát exportu vyberte CSV. Tím se soubor PDB změní na soubor CSV, který může Excel otevřít. 4. Po převedení uložte soubor CSV do preferovaného umístění v počítači.
5. Spusťte aplikaci Excel a vyberte kartu „Soubor“. Po zvolení možnosti „Open“ přejděte do adresáře, kam jste uložili převedený soubor CSV. 6. V dialogovém okně „Otevřít“ vyberte soubor CSV a stiskněte tlačítko „Otevřít“. Soubor CSV se nyní otevře v aplikaci Excel, kde můžete pokračovat v práci s daty.
Převedením souboru PDB do kompatibilního formátu CSV jej můžete pomocí těchto pokynů otevřít v aplikaci Excel.
Soubory Protein Data Bank neboli PDB jsou běžně používaným souborovým formátem pro ukládání trojrozměrných strukturních dat biologických makromolekul, jako jsou proteiny, nukleové kyseliny a komplexní sestavy. Kromě atomových souřadnic obsahuje podrobnosti o konektivitě každého atomu, délkách vazeb, úhlech a dalších relevantních informacích. Soubory PDB mohou také obsahovat anotace, odkazy na vědeckou literaturu a metadata týkající se experimentů použitých k identifikaci struktury. Struktura, fungování a interakce biomolekul jsou pomocí těchto souborů hojně studovány v oboru strukturní biologie.